Skies of Incursion berlaku dalam jangka masa yang sama dengan Ace Combat X: Skies of Deception, namun Skies of Deception menceritakan kisahnya melalui sudut pandang Gryphus Squadron sementara Skies of Incursion menceritakan kisah dari sudut pandang Falco Squadron, unit berasingan dalam Tentera Udara Aurelia.[1]

Aurelia, yang terletak di pinggir selatan Osean Continent (Benua Osea), telah hidup dalam keamanan selama bertahun-tahun kerana iklimnya yang ringan dan sumber daya bawah tanah yang luas, tetapi pada 2020, negara itu diserang oleh negara jirannya, Leasath, di bawah perintah Diego Gaspar Navarro. Pencerobohan itu dilakukan dengan alasan Aurelia kononnya mempromosikan perang saudara di Leasath. Aurelia terperangkap dan dengan pantas dikalahkan dalam masa 10 hari, ini disebabkan oleh kekuatan luar biasa senjata super canggih Leasath, Gleipnir Flying Fortress. Motif sebenar di sebalik pencerobohan itu kemudiannya dinyatakan sebagai keuntungan peribadi Diego Gaspar Navarro dalam penjualan senjata semasa perang.

Sisa-sisa tentera Aurelia, dikurangkan menjadi satu pangkalan udara beroperasi, dengan cepat bergabung bersama untuk melancarkan serangan balas terakhir terhadap pasukan Leasath yang menyerang untuk membebaskan tanah air mereka.